El Astillero Río Santiago cuenta con un sistema de aseguramiento de la calidad independiente de las áreas productivas y certificado por el Lloyds Register en la Norma ISO 9001.  
Está conformado por las siguientes áreas:

INGENIERÍA DE CALIDAD: Generación de planes y procedimientos de inspección y seguimientos de obras.   Protocolización de documentación.
CONTROL DE CALIDAD:  Inspecciones estructurales y de soldaduras, calificación de soldadores, alistamiento eléctrico y mecánico, preparaciones de superficies, pintura, certificación de pruebas de funcionamiento de equipos y sistemas. Obtención de aprobaciones de clientes y organismos externos (Prefectura naval, registros de clasificación, etc.)
ENSAYOS: 
Laboratorios para la realización de ensayos físicos y análisis químicos con trazabilidad al INTI.Equipamiento y personal habilitado para la realización de ensayos no destructivos con respaldo del INTI, registros de clasificación y la Autoridad Regulatoria Nuclear.
METROLOGÍA: Personal y equipamiento con trazabilidad del INTI para el contraste y calibración de instrumental para medición y control mecánicos y eléctricos. Desarrollos especiales: mediciones de potencia, sonido, celdas de carga, etc. CERTIFICACIÓN DE MATERIALES:  Determinación de propiedades técnicas y de calidad de insumos y equipamientos.  Estas tareas se realizan para asegurar la calidad de los procesos internos y están disponibles también para terceros.